日本学者曾将行政许可制度的缺点罗列如下:1、许可制度具有自我永久持续性,很难予以废止;2、许可制度具有自我增殖性,旧的许可制度随着时间的推移会自然引发新的、更多且更复杂的许可规制;3、许可制度耗费政府与行政相对人大量的人力和物力;4、许可制度具有非效率性,容易导致事务处理的长期化,给行政相对人增加过多的负担;5、许可制度往往因许可的条件或标准过于抽象、模糊、笼统,而使行政机关享有恣意裁量的余地,从而具有行政许可的公正、统一运用,损害被管制者的预测可能性及法的安定性,限制被管制者活动自由的危险性;6、许可制度具有保护既得利益、特殊利益和限制竞争的危险性;7、许可制度因其恣意裁量性而为腐败提供了温床;8、许可制度具有限制外国企业进入本国市场的危险性,容易导致非关税壁垒,引发经济摩擦;9、许可制度因官僚体制的缺陷可能导致同一的或类似的许可事项重复存在;10、许可制度容易导致中央集权化。
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